En febrero 1959 la Cofradía fija su residencia canónica definitiva en la Parroquia San Severiano (estando ésta todavía en construcción) en los extramuros de la ciudad. Los cultos de ese año se celebraron en la capilla de la antigua Institución Provincial, donde radican todos los servicios de la Parroquia; mientras que para la salida procesional se tuvo que montar el paso en el Instituto Hidrográfico de la Marina, próximo a la Parroquia. En ese mismo año, el 8 de diciembre, se bendice la imagen de Ntra. Sra. de Gracia y Esperanza, cotitular de la Cofradía realizada por el imaginero gaditano Miguel Lainez Capote.

​Por Decreto del entonces Obispo de la Diócesis de Cádiz y Ceuta, Don Tomás Gutiérrez Díez, es erigida canónicamente la Cofradía y son aprobados los Estatutos por los que la misma se rige.

​La salida procesional de 1960 se realizó a modo de Vía-Crucis por las calles de la feligresía. Al año siguiente ya se integra en los desfiles procesionales, cubriendo el paso por la Carrera Oficial y recogiéndose en la Parroquia de San Lorenzo Mártir. En 1966 se recoge en la Iglesia de Santa María, y ya en 1967, la Junta de Gobierno decide que se recoja la Cofradía en San Severiano; es en este año cuando el Señor estrena su paso.

Ntra. Sra. de Gracia y Esperanza procesionó por primera vez en 1962 en el paso de la Virgen del Rosario, Patrona de Cádiz; acompañándola desde entonces un nutrido grupo de hermanas ataviadas con la clásica mantilla española. Ya en 1968 lo hizo en su propio paso de palio completamente terminado, obra realizada en los talleres de Angulo de Lucena (Córdoba).

​Las reducidas dimensiones de las puertas de la Parroquia San Severiano ocasionaban numerosos problemas para las salidas y recogidas de la Cofradía, lo cual hizo que se construyera una capilla adyacente a la Parroquia en 1983, de donde saldría y se recogería la Hermandad a partir de 1984. Estas obras provocaron que en 1983 la Cofradía no realizara su salida penitencial, siendo la única vez que ha ocurrido este hecho desde su fundación.

​En 1989 se sustituye la talla del Señor debido al mal estado que presentaba la anterior imagen, del mismo modo se actuó con la talla del ángel en 1991; en 1995 se completa el misterio con las imágenes de los tres Apóstoles «dormilones» (San Pedro, San Juan y Santiago) y en 1998 se bendice la imagen de San Juan Apóstol realizada por Luís González Rey que acompaña en altar de cultos a Ntra. Sra. de Gracia y Esperanza.

​En la década de los noventa, la Cofradía prosigue su proceso de renovación con el proyecto de realizar un nuevo paso de palio para Ntra. Sra. de Gracia y Esperanza; asimismo, se sustituye la talla de la Virgen por una realizada por el imaginero sevillano Manuel Ramos Corona. A la vez, se incorporan nuevos enseres procesionales, así como se amplía y reforma la Casa de Hermandad.

​Tras la Semana Santa de 2000 se inician los trabajos para la reforma y ampliación del paso de Nuestro Señor encargándose de la restauración y dorado la Escuela-Taller de la Fundación Municipal de la Mujer del Excmo. Ayuntamiento de Cádiz y la carpintería por Hermanos Bares, pudiéndose contemplar la primera fase de este proyecto en la Semana Santa de 2001.

​El 17 de marzo de 2001 se estrena la primera marcha procesional compuesta para uno de los Titulares de la Cofradía; la pieza, creada por Julio Pardo Melero y titulada Señora de Puerta Tierra, está dedicada a Nuestra Señora de Gracia y Esperanza. Esta marcha fue estrenada en un concierto organizado para tal evento, por la Cofradía en la Excma. Diputación Provincial de Cádiz.